Eskiden Ege Denizi’nin bir koyu olan Bafa Gölü’nün, Büyük Menderes nehri tarafından taşınan alüvyonlar neticesinde denizle olan ilişkisi kesilmiş ve bu koy bir lagün haline dönüşmüştür.

Göl, Didim Merkez’e 10 km mesafede, Söke-Milas Karayolunun doğusunda yer almakta olup; ortalama olarak 7 bin hektarlık alanı kaplamaktadır.
Maksimum derinliği 25 metre kadardır. Gölün su kaynağı, Büyük Menderes nehrinin düzenli taşkınlıkları ve etrafındaki dağlıklardan gelen yeraltı ve yerüstü sularıdır.
Tipik Akdeniz bitki örtüsünün gözlendiği göl çevresi, zeytinlik ve çam ormanları ile kaplıdır. Gölde irili ufaklı adalar mevcuttur. Bunların en önemlisi ikiz ada Menci Adası ve Hayalet Adadır.
Yapılan araştırmalar neticesinde gölün en az Büyük Menderes Deltası kadar önemli olduğu ortaya çıkartılmıştır.

Uluslararası önemli kuş alanları listesinde ilk sıralarda yer alan göl ve çevresince, Dünya çapında nesli tehlike altında olan Cüce Karabatak ve Deniz Kartalı gibi kuş türlerinin ürediği, bunun yanı sıra gölün kış aylarında yüz binlerce ördek ve su kuşu türü tarafından beslenme ve barınma yeri olarak kullanıldığı tespit edilmiştir.
Gölün zoo-plankton ve su bitkileri açısından çok zengin olmasından birçok balık türünün gölde yaşamasına imkan sağlanmaktadır. Denizden göle değişik zamanlarda göç eden çeşitli balık türleri gölde beslenmekle ve kısa zamanda ergenleşmektedirler.
Balıkçılık açısından çok büyük kaynaklara sahip olan gölde eskiden 700 den fazla üyesi bulunan Su Ürünleri Kooperatifi bulunmaktadır. Civarda yaşayan halkın yanı sıra, diğer bölgelerden gelen balıkçılar için de büyük ekonomik değere sahiptir.
Son yıllarda gölün eko-sisteminde meydana gelen değişimler balık stokunda çok ciddi miktarda azalmalara neden olmuştur. Bu azalmanın en büyük nedeni ise Büyük Menderes Nehrin in su rejiminin değiştirilmesi ve nehir ile Bafa Gölü arasına inşa edilmiş taşkın setidir.



